Badan Kepegawaian Daerah (BKD) Provinsi Kalimantan Utara dibentuk berdasarkan Peraturan Gubernur Kalimantan Utara Nomor 22 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Daerah Provinsi Kalimantan Utara sebagaimana telah diubah dalam perubahan melalui Peraturan Gubernur nomor 1 tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Perangkat Daerah di Lingkungan Pemerintah Provinsi, pada bagian keempat pasal 207 dinyatakan bahwa ”Badan Kepegawaian Daerah merupakan unsur penunjang urusan pemerintahan bidang kepegawaian.”